В токийский музей древней истории поступает новый экспонат – старинные доспехи японского воина, известного как Черный Самурай. Прямо на глазах у куратора экспозиции, господина Такагава, и его помощника Кенджи легендарный злой воин оживает и покидает стены музея. Господин Такагава знает, что Черный Самурай будет охотиться за древним свитком, в котором зашифровано местоположение Меча Судьбы. Ни в коем случае нельзя допустить, чтобы злодей нашел этот артефакт. К счастью, в Токио на турнир по боевым искусствам приехала Дафна Блейк со своими друзьями. Команда Скуби-Ду собирается опередить Черного Самурая и помешать злу навсегда завладеть Мечом Судьбы.
Скуби Ду и Меч Самурая и их тайная команда путешествуют по всему миру, чтобы найти какой ни будь клад, делая круги по Азии и Европы чтобы разобраться в древних загадках. 0ни соревнуются против сильного Черного Самурая и его Армии приведений чтобы попытаться достать Меч Судьбы, меч удостоен неземных сил. По дороге Скуби Ду и Шагги встречают Мастера Мечей который учит их Бошидо, путем самурая. Их способности быстро придут в действие против Нинзей Роботов. И в конце, наши измотанные герои находят то, что Бошидо это лояльность, честь и храбрость, что держит ключ к настоящей тайне...