Римская империя, конец IV - начало V века н.э. Христианам уже не приходится скрываться от римских властей и скрывать свои убеждения, с каждым годом приверженцев этой религии становится все больше. На фоне исторических событий разворачивается история Гипатии Александрийской, известной ученой, посвятившей свою жизнь изучению математики, философии и астрономии. К советам Гипатии прислушивались сильные мира сего, но, поскольку женщина придерживалась языческой веры, а христианство окрепло и превратилось в мощное движение, со временем ее авторитет ослаб. Несмотря на гонения, женщина с достоинством прошла свой путь до самого конца.
Действие фильма происходит в египетской Александрии на рубеже IV и V веков. Фильм рассказывает об исторической личности — женщине-математике Гипатии. Она оказалась свидетельницей уничтожения великих памятников античности — Мусейона и Библиотеки. В 415 году Гипатию растерзала толпа новообращенных христиан.